1、交易場所不同：指數基金分為場外指數基金和場內指數基金，場外指數基金不在證券交易所交易，場內指數基金在證券交易所交易；ETF基金在證券交易所交易。

2、交易規則不同：指數基金（場外）實行T+1交易，每筆交易都是按照收盤時的凈值進行成交，沒有漲跌幅限制，沒有最小交易單位，有最低交易金額（各基金不同）；ETF基金實行T+1交易，當天買入，第二個交易日才能賣出（跨境ETF、債券ETF、貨幣基金ETF、黃金ETF除外，實行T+0交易），按照市場實時價格進行成交，遵循價格優先、時間優先的原則，漲跌幅限制為10%，每個成交單位為100份。

3、交易手續費不同：指數基金（場外）手續費包括申購費、贖回費和運作費；而ETF基金只有交易傭金。